L’església de Santa Maria del Freixe es troba a l’extrem meridional del terme, al vessant septentrional del Collet de Bastarra, a l’aiguavés de la riera de Llémena, en un lloc que centra el veïnat de la població esparsa. Per anar-hi amb vehicle cal seguir la senyalització des de la carretera Olot-Banyoles, al peu de l’església de Sant Pere, i al cap de 16,8 km s’arriba a l’església.
Una de les primeres notícies documentals on hi ha esmentada l’església de Santa Maria del Freixe data del 972, amb motiu de les donacions que en aquest any el comte bisbe Miró Bonfill de Besalú féu a la canònica de Sant Genis i Sant Miquel de Besalú, anomenada posteriorment de Santa Maria. Segons es desprèn d’aquest instrument, el comte bisbe Miró, a precs de la seva cunyada, la comtessa Ermengarda, i del seu fill Bernat, féu importants donacions a aquesta canònica, amb la condició que Ermengarda i Bernat hi establissin una comunitat de canonges regulars de Sant Agustí.
Entre les nombroses cessions que el susdit comte bisbe va fer a la recentment fundada canònica, hi figura entre altres moltes propietats, l’església de Sanctae Mariae de Fraxis, la qual fou ratificada de bell nou dos anys després en el testament del mateix Miró Bonfill. L’any 998, i a petició expressa del seu successor, el comte Bernat Tallaferro, el monestir de Santa Maria rebé el papa Gregori V una butlla de confirmació de béns, en què es torna a fer menció entre les seves propietats de la …Ecclesiam Sanctae Mariae quae est in Fraxis cum decimis et primitiis vel oblationibus suis.
El comte Bernat Tallaferro, que tingué durant el seu govern una especial predilecció per la canònica augustiniana de Santa Maria, a la qual donà en tot moment el seu suport, expedí l’any 1000 una carta de confirmació de béns al seu favor, en la qual hi ha escripturada també l’església de …Sancta Maria sita in villa Fraxis.Ja al segle XIII, dins la relació d’esglésies que contribuïen amb el delme al sosteniment de les croades, és consignada els anys 1279 i 1280, a l’Ecclesia de Fraxano i l’Ecclesia de Fraxino, respectivament.
En el segle XIV, el temple de Sancta Maria de Fraxino figurava en el Llibre verd de la seu de Girona, data el 1362; posteriorment, en els nomenclàtors diocesans del final del segle, s’esmenta l’Ecclesia parrochialis Sancte Marie de Fraxino. Encara una notícia documental indica que l’any 1392, el rei Joan I de Catalunya-Aragó, va vendre el dia quatre de juny a Hug Ademar I de Santa Pau en franc alou, tota la jurisdicció que posseïa en diverses parròquies i termes, entre les quals figura la de Santa Maria del Freixe, pel preu total de 5.000 florins; en el document es fa constar que aquesta venda fou feta a aquest baró de Santa Pau en compensació a l’ajut econòmic que havia prestat al monarca per a la conquesta de Sicília.
Entre els anys 1426 i 1427, van tenir lloc uns grans terratrèmols, que destruïren gran part de les esglésies de Sant Pere, Romeria, Sant Andreu de Ruïtlles, totes elles de Mieres, del Torn i Falgons. L’historiador Jaume Vicens, en la història dels Remenses, narra un fet violent esdevingut dins l’església. Era un diumenge de 1497, quan un rector celebrava la missa, uns homes armats van irrompre a l’interior disparant fletxes i ferint el celebrant, i moltes d’elles es clavaren en el retaule que hi havia rere l’altar. En un inventari que data de l’any 1721, consta l’existència d’aquest retaule, amb pintures que representaven la Verge Maria, al centre, Santa Anna, a la dreta i Santa Margarida, a l’esquerra.
En el llibre de visites pastoral de l’arxiu diocesà de Girona, número 1, hi ha constància, per primera vegada, de la visita pastoral l’any 1314, feta pel bisbe de Girona, després de visitar Mieres. En la pàgina 10 del llibre número 61, també hi apareix una altra visita pastoral l’any 1573. Una altra es va realitzar el 1838 pel bisbe Florenci Lorente i Mateu que puja a aquest lloc, en visita pastoral, acompanyat pel rector de Mieres i els dos vicaris. Segons narra el Butlletí del Bisbat, l’església del Freixe va esdevenir petita per a la gran gentada assistent a la cerimònia.
Fins a final del segle XIX, el rector residia a ca l’Ermità, casa-rectoria, situada al bell costat de l’església. A principis de segle passat, Mn. Miquel Calm i Bassols, últim rector, ja tenia la residència a Mieres. Finida la guerra civil espanyola, el mierenc Mn. Joan Vilar, de la casa pairal de Borbella, hi va exercir durant pocs anys el seu ministeri, com a encarregat, des de Mieres. Amb la seva absència, l’església va caure en ple abandó, fins avui, després de les importants obres de restauració que s’han dut a terme. La solemne inauguració va tenir lloc el dia 27 d’abril de 2003, amb gran assistència de fidels.